Het schilderij is de afgelopen 200 jaar meermaals behandeld. Tijdens de restauratie van 1908 is het schilderij bedoekt. Dit werd toen gedaan om het schilderij stabiliteit en stevigheid te bieden maar ook om beschadigingen in het doek, denk aan scheuren en gaten, te sluiten. Voor de doublering heeft men toen een mengsel van was en hars gebruikt. Om de twee doeken op elkaar te plakken was daarmee veel warmte en druk gemoeid. Door algemene veroudering en het feit dat het schilderij decennia op een rol heeft gezeten heeft schilderij geleden; de verbinding tussen de twee doeken heeft op sommige plaatsen losgelaten en het doek is enorm gedeformeerd geraakt met veel knikken en vouwen.
Om het doek weer helemaal glad te kunnen krijgen was het weghalen van het oude bedoekdoek een noodzaak. Hiervoor moest de achterkant toegankelijk zijn en het grote werk face-down liggen. Maar hoe kan dat als het schilderij los is en niet opgespannen op een raamwerk zoals normaal? Wij hebben hiervoor een constructie bedacht waarbij het schilderij aan de bovenkant goed werd vastgeklemd. Met behulp van twee elektrische lier is het plateau omhoog gehesen en vervolgens via enkele tussenstapjes met de verflaag naar beneden op de houten vlonder neergelegd. Het grootste deel van de behandeling is in horizontale positie uitgevoerd. Wij restauratoren moesten dus zittend, hurkend of soms staand aan het werk.
De restauratie van De intocht van Napoleon te Amsterdam wordt uitgevoerd door Restauratieatelier Amsterdam onder leiding van Kathrin Kirsch en Andreas Siejek met ondersteuning van enkele project medewerkers. Gedurende de eerste fase van het restauratie traject van begin juli tot begin oktober 2011 stond de conservering (het in stand houden) van het schilderij in het middelpunt. Bekijk meer foto's van de restauratie op het Flickr account van het Amsterdam Museum.