Wederom naar Ajax
Nadat Cruijff in 1985 definitief stopt met voetballen blijft hij actief in de voetballerij als adviseur, trainer en analist. Cruijff is altijd bezig geweest met het spel. In zijn spelersperiode voerde hij al samen met zijn trainers belangrijke veranderingen door in het spel. Het is voor Cruijff dus een kleine stap naar het trainerschap. Van de KNVB krijgt hij in 1987 dan ook letterlijk het trainersdiploma cadeau, als dank voor zijn verdiensten voor het Nederlands Voetbal. Hij begint korte tijd bij Roda JC, als technisch adviseur, maar al snel wordt hij de belangrijkste man bij zijn oude club Ajax. Van 1985 tot en met 1988 is hij trainer. Volgens de voetballers is Cruijff een gedreven trainer met een groot tactisch inzicht. Het lukt Ajax onder Cruijff na 14 jaar de Europacup in de wacht te slepen. Ook wordt de KNVB-Beker tweemaal gewonnen.
Zijn tijd bij FC Barcelona
Begin 1988 neemt Cruijff ontslag en stapt over naar 'zijn andere club’, FC Barcelona, om daar aan de slag te gaan als trainer. Hij krijgt de financiële middelen om een Dream Team samen te stellen met de beste spelers. Onder Cruijff wordt FC Barcelona dan ook groot. Elk jaar worden meerdere prijzen in de wacht gesleept, zowel landstitels als Europacups. De Catalanen aanbidden hem en de spelers ook. Maar mei 1994 is het keerpunt in de succesreeks van Barcelona. Er worden geen prijzen gewonnen en veel spelers vertrekken. De club heeft onder Cruijff vier kampioenschappen en twee Europacups gewonnen. Cruijff besluit om in Barcelona te blijven wonen.
De analyticus
Met zijn voetbaltalent is het niet meer dan logisch dat Johan vaak gevraagd wordt om zijn mening te geven. Na zijn vertrek bij Barcelona in 1996 wordt hij direct door de NOS binnengehaald als analyticus bij Champions League wedstrijden. Zijn analyses zijn doeltreffend, maar leveren ook taalkundige spitsvondigheden op.