Vanaf 1578 is Amsterdam niet meer katholiek maar officieel gereformeerd. Andere geloven worden getolereerd, voor zover ze geen maatschappelijke onrust veroorzaken. Daarom worden in Amsterdam katholieken onderworpen aan strenge regels. Overzee treft die striktheid juist de lutheranen. De vele lutherse matrozen en soldaten van de Verenigde Oost-Indische Compagnie – vaak Scandinaviërs en Duitsers – mogen in Azië geen kerken stichten, want ze zouden bij samenkomsten weleens opstandig kunnen worden.
Pas in de 19de eeuw komt er volledige vrijheid van godsdienst. De religies profileren zich door ieder een eigen ‘zuil’ te vormen: katholieke kinderen gaan naar katholieke scholen en protestanten kopen bij protestantse winkeliers. Dit systeem brokkelt in de tweede helft van de 20ste eeuw af door ontkerkelijking.
Tegenwoordig speelt religie in combinatie met tolerantie weer een grote rol, met name in discussies rond de islam. Mag je in het openbaar je gezicht bedekken omwille van je geloof? Geef je vrouwen een hand? Staat religie boven de wet?
