Op 13 april 1421 verandert de Windmolenzijde –de Nieuwe Zijde- in een rokend hoopje puin. Vlammen likken aan de Heilige Stede. De kroniekschrijver Johannes de Beke doet verslag:
´Op enen sonnendach den xiiiten dach in der maent van april ende was doe iii weken na paesschen, gesciede een groot brant binnen der stede van Aemsterdam, dattet derdendeel van der stede doe wel verbernde van sijns selfs vuer. Daer verbernde doe mede die nye kerc, die heilige stede dair dat heilige sacrament van mirakel te rusten plach, dat gasthuys, dat raethuys bernde doe mede, alsodat alte groten scade dair doe geschiede´. Hoezeer de kapel eraan toe was wordt niet vermeld.
In 1452 op Sint Urbanusdag (25 mei) is het opnieuw raak. Deze keer worden de Nieuwe én de Oude Zijde in een alles verzengend vuur meegenomen. De herbouwde Heilige Stede staat wederom in vuur en vlam. Midden in deze haard van vuur bevindt zich het Heilig Sacrament. Gealarmeerde slotenmakers en smeden snellen toe om het tabernakel open te breken en de monstrans met het ´Alderheyligste´ in veiligheid te brengen. Het lijkt of de hand van God hen tegenhoudt: breekijzers knappen als twijgjes, tangen vallen uiteen, alle verwoede pogingen om het Heilig Sacrament te redden lopen op niets uit en de redders in nood keren met ´haer voeten ofte schoenen eenichsins verbrant´ huiswaarts. Als de rook opgetrokken is, wordt een stralend witte hostie in een ongeschonden monstrans teruggevonden tussen de zwartgeblakerde resten van de kapel. God is even terug in Amsterdam.
Opnieuw zet Amsterdam de schouders eronder. Niet alleen het Heilig Sacrament maar ook de kapel herrijst als een fenix uit de as. De derde editie van dit heilige huis wordt in 1547 gewijd. Nu is nog slechts de tand des tijds een vijand van de kapel. In 1908 wordt een sterk verwaarloosd en vervallen, na de Alteratie tot Nieuwezijdskapel omgedoopt bedehuis, door de protestanten figuurlijk afgebrand en vervolgens letterlijk afgebroken. Hevig katholiek verzet mag niet meer baten. Het doekt valt voor de Heilige Stede.